home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ MacFormat España 27 / MacFormat n. 27 (Spain) / Mac Format 26.bin / Shareware / Educación / Restriction Enzymes 2.7 / ReadMe next >
Encoding:
Text File  |  1997-02-12  |  2.8 KB  |  70 lines
  1.  
  2. RestrictionEnzymes was written (a long time ago) using Think's
  3. Lightspeed Pascal by Scott Young (scott@codon.nih.gov) and Alex Hsu at the Laboratory
  4. of Cellular and Molecular Regulation, National Institute of Mental
  5. Health, Bethesda, MD 20892. 
  6.  
  7. The application RestricitionEnzymes reads from the text file
  8. ResEnzFil.Text which contains the restriction enzyme data. This
  9. file may be altered by SimpleText, or through functions Command
  10. A(dd) and R(emove), as described below. The file is limited to
  11. 240 enzymes.
  12.  
  13.  
  14. After downloading the two files, make sure that there is no suffix after
  15. ResEnzFil.Text.
  16.  
  17.  
  18. Note: Copy files to your own disk to run the program efficiently.
  19. After starting program, wait until the screen refreshes before using
  20. menu items. Wayne Rasband recently (2/12/97) fixed a bug and recompiled it
  21. so it should work more smoothly now.
  22.  
  23.  
  24. RestrictionEnzymes has 6 commands:
  25.  
  26.  
  27. Command 1: This function searches for restriction sites within the
  28. sequence produced when two DNA ends generated by restriction
  29. enzymes are blunted and then ligated. First, the table of restrictions
  30. enzymes is displayed. Select two enzymes by placing the cursor
  31. over an enzyme and clicking that enzyme and then selecting either
  32. the phrase "Restrict both ends with the same enzyme" or another
  33. enzyme. Change the selections by selecting a different enzyme.
  34. "Restrict both ends with the same enzyme" refers back to the last
  35. enzyme selected. To proceed, press any key. If the an enzymethat
  36. was selected leaves a 5' overhang, then you will be asked whether
  37. you wish to fill in (e.g, by Klenow) or trim back (e.g, by T4 DNA
  38. polymerase) to blunt the DNA end. If the enzyme leaves a blunt or a
  39. 3' overhang, no option is presented. The 3' overhang is trimmed.
  40.  
  41. Command 2: This function lists the restriction enzymes (if any)
  42. that produce ends compatible with an end left by the restriction
  43. enzyme selected from the displayed table.
  44.  
  45. Command 3: This function lists restriction sites within an inputted
  46. sequence (limited to 250 bases). The nomenclature of the
  47. International Union of Biochemistry is listed when this function is
  48. chosen. No information on position of the sites is given as this
  49. function is handled by numerous sequence analysis programs.
  50.  
  51. Command 4: This function displays the list of restriction enzymes
  52. to which RestrictionEnzymes refers.
  53.  
  54. Command A: This function allows the user to add a restriction
  55. enzyme to the reference list in the file ResEnzFil.Text. The function
  56. can accommodate symmetrical and asymmetrical cutters. Only the
  57. first 210 enzymes are accessed.
  58.  
  59. Command R: This function allows the user to remove an enzyme
  60. from the file ResEnzFil.Text. The selected enzyme from the
  61. displayed table is deleted.
  62.  
  63. Command P: This function prints the accumulated results of the
  64. selected functions.
  65.  
  66. Command Q: This function ends the run. 
  67.  
  68.  
  69.       
  70.